Правильно "нет сапог", так как сапог — существительное мужского рода единственного числа. Во множественном числе образует форму сапоги. Склоняется данное существительное следующим образом: И.п. (что?)сапоги Р.п. (нет чего?) сапог (нулевое окончание) Таким образом, форма именительного падежа единственного числа существительного сапог совпадает с формой родительного падежа множественного числа — сапог.